경주동산병원의 전신인 경주기독병원은 1962년초 기독교 미국연합장로회 컴브랜드교회의 헌금과 경동노회의 부지 1,360평 기부, 대구동산기독병원의 의료장비 제공과 의료진의 도움으로 설립되어 예수 그리스도의 복음을 토대로 육신의 질병을 치료하고 영혼을 구원하기 위한 기독교 정신에 입각한 경주지역 최초의 종합병원으로 설립되었다. 1965년 1월 초대원장에 대구동산기독병원 소아과 부과장인 송창화 박사가 부임하고, 원목 1명과 각과 전문의 8명, 간호사 16명, 간호조무사 11명, 방사선 및 병리기사 3명, 서무 및 일반직원 등 총 74명의 인력이 배치되어 현대식 종합병원으로써 그해 4월 6일 개원하<서>고 진료를 시작하여 지역의 의료를 통한 복음전파와 보건향상의 선도적 역할을 수행하였다.

 이후 선교사들의 노력과 마펫(Howard F. Moffett)박사의 적극적인 도움으로 매년 시설투자비 및 운영비를 지원 받아 병원을 운영하였으나, 1978년 이래 제반 여건의 부실로 인해 적자경영을 하다가 1988년 9월에 휴원을 하기에 이르게 되었다. 1년 후인 1989년 11월에 계명대학교의 설립이념과 목적을 계속 유지하고 동산의료원의 부속병원으로 수용하여 발전을 도모하기 위해 계명대학교 학교법인에서 법원 경매에 응찰, 경락하여 계명대학교 의과대학 부속 경주동산병원으로서 면모를 일신하기에 이르렀다.

 1989년 경주기독병원을 인수한 본 재단에서는 기존의 지하 1층과 지상 3층 건물 연건평 1,065평의 시설물을 2년간에 걸쳐 대대적인 개보수를 하였으며, 최신 의료장비를 도입하여 내과, 일반외과, 소아청소년과, 정형외과, 신경외과, 산부인과, 진단검사의학과, 영상의학과, 마취과 등 9개 진료과목에 103개의 병상을 가동하는 한편, 각 임상과장 및 20여명의 수련의를 비롯한 100여명의 교직원으로 1991년 3월 15일 개원하였다.

 이로써 지역 사회에 예수그리스도 복음을 토대로 육신의 질병을 치료하고 인간의 영혼을 구원하기 위한 숭고한 하나님의 섭리가 구현되는 첫걸음이 되었다. 신라 천년고도인 관광지 경주시내 서부동에 병원부지 1,523평, 건물 지상 3층, 지하 1층, 연건평 1,109평의 규모로써 전원적인 아담한 모습을 갖추고 있으며 전 교직원이 “하나님은 고치시고 우리는 봉사한다”라는 신념에 입각하여 최선을 다해 인간의 육신과 영혼을 구원하는 목표로 전력을 다하고 있다. 진료과목은 내과, 일반외과, 소아청소년과, 정형외과, 신경외과, 산부인과, 진단검사의학과, 영상의학과, 마취통증의학과, 가정의학과, 치과, 이비인후과 12개 진료과목과 각 진료과장 및 14명의 전공의를 비롯한 120여명의 교직원이 한마음 한뜻으로 지역보건향상과 사회봉사를 위한 선도적인 연구와 진료활동에 전력을 기울이고 있다.

 1991년 8월에는 대한적십자사로부터 경주지역의 혈액공급소 허가를 받았으며, 1991년 9월에는 보건사회부로부터 교통사고와 산업재해 환자의 신속한 응급처치를 위한 응급의료 지정병원으로 지정 받아 응급진료체계 활동에 만전을 기하고 있다. 1992년 1월, 병원 전도회를 발족하여 교직원의 신앙 향상은 물론 농촌지역의 무료진료 전도사업을 펼쳐 지역사회의 보건향상에 기여하고 있다. 특히, 전 진료과의 진료외에 1994년 4월부터 특수진료실을 개설 운영하여, 지역 주민의 의료 복지 향상에 크게 기여하고 있다. 2000년 4월에는 제1회 호스피스자원봉사자교육을 실시하여 말기 암 환자와 이에 준하는 환자에게 육체적인 면뿐만 아니라 정신적인 면을 돌보고 있다.

 2001년 1월 보건복지부로부터 전공의 수련병원으로 지정 받아 교육, 연구, 진료, 선교의 사명을 감당하게 되었으며 21세기에 발맞추어 2001년 2월에는 병원 홈페이지를 구축하였다. 2002년 11월, 175평의 관리동을 새롭게 신축하였다. 2009년 5월에는 주변부지 1,534㎡(464평)를 매입하여 의료시설 증축공사를 추진하여 2011년 6월에 준공하였으며, 시설 내 장례식장을 이전하여 지역민들에게 최상의 장례서비스를 제공하고 있다. 2010년 2월 본관 및 건강검진센터를 리모델링하여 새롭게 탈바꿈하였다.

 또한 전산 현대화 사업을 추진하며 2010년 3월부터 OCS 및 PACS 전산시스템이 도입되어 신속하고 정확한 진료정보를 제공하고 있으며, 2011년 12월 MRI 촬영기를 도입하여 운영함으로써 진료영역을 확대해 나가고 있다. 2012년 6월 경주동산요양병원을 개원하였으며, 2014년 1월 3일 경상북도로부터 40병상 증설 개설 허가를 받아 현재 80병상을 운영하고 있다. 종합병원과 중증 요양병원을 상호 연계 운영함으로 전문치료가 필요한 환자들에게 최적의 진료를 통하여 삶의 질을 높이는 새로운 의료전달체계의 롤모델 구축으로 지역민에게 양질의 요양서비스를 제공하게 되었다. 2016년 10월 10일에는 보건복지부로부터 완화의료 전문기관으로 지정받아 10병상 규모의 호스피스 병동을 운영하고 있으며, 환자와 가족의 고통을 경감시켜 삶의 질을 향상시키는 것을 목표로 돌봄 서비스를 제공하고 있다. 경주동산병원은 기독교병원으로서 그리스도의 사랑을 실천하며 설립이념 구현을 위해 신념과 긍지를 가지고 투철한 사명감, 봉사정신으로 지역의 의료발전을 위해 최선을 다하고 있다.